Né à Modène (Italie) le 18 juillet 1670 dans une famille de musiciens, Giovanni Bononcini est orphelin de mère à sept ans et de père à huit ans. Ce dernier, Giovanni Maria (1642-1678), a tout de même pu initier son fils à la musique, étant lui-même compositeur et musicien à l’église de Modèle. Cela permet à Bononcini et à ses deux frères de profiter d’une assez bonne réputation de musiciens.
Après avoir pris des leçons avec Giovanni Paolo Colonna à Bologne, il publie à 15 ans seulement ses opus 1 à 3. En 1692, Bononcini part à Rome où apparaissent ses premiers opéras. À Vienne (1699), il est nommé compositeur de la cour. Il effectue, en 1702 et en 1704, deux séjours à Berlin, invité par la reine Sophie-Charlotte. Il traverse l’Europe : Londres, Paris, Lisbonne peut-être,... Dans la capitale anglaise, il rivalise avec Georg Friedrich Haendel, soutenu par de grandes familles (le duc de Malborough par exemple) qui en profitent pour s’opposer au favori du roi. Mais après un ultime conflit avec Haendel et la mort de son protecteur, il quitte définitivement l’Angleterre pour la France (1733), où il sera victime d’une escroquerie, puis reprend ses errances à travers l’Europe.
C’est à Vienne, le 9 juillet 1747, que Bononcini meurt. Il est de nos jours tombé dans un oubli relatif, mais a jouit pendant une bonne partie de sa vie d’une excellente réputation.