Né à Creuzburg an der Werra, en Thuringe (nord de l’Allemagne), le 15 février 1571, Michael Schultze (plus tard, Praetorius, version latinisée de son nom de famille) est le fils d’un pasteur luthérien. Après que l’enfant ait suivi sa scolarité à Torgay et à Zerbst, son père l’envoie à Francfort-sur-l’Oder pour étudier théologie et philosophie à l’Université .
À partir de 1587, il est organiste à la Marienkirche de Francfort. Après une période au service de l’évêque de Halberstadt, toujours comme organiste, Praetorius devient, en 1603, le Kapellmeister du duc de Braunschweig-Lüneburg et vit à Wolfenbüttel. C’est de cette époque que proviennent ses premières compositions. Ce poste le force à beaucoup voyager en Allemagne et le compositeur se forge une renommée de chef d’orchestre, d’organiste et d’expert en musique et en instruments.
Praetorius meurt à Wolfenbüttel, le 15 février 1621. Il a laissé, en autres, plus de 1000 motets rassemblés dans les Musae Sioniae et, bien sûr sa célèbre Syntagma musicum (1619), encyclopédie très bien informée : genres musicaux utilisés depuis l’Antiquité, instruments de musique (étude très documentée qui n’est pas encore passée de mode).